基本的にサラリーマンは、年末調整だけで
確定申告は必要ありません。

この制度は、全国のサラリーマンが3月に一斉に確定申告をすると
税務署がパンクしてしまうからと言われていますが
それ以外にも税務署は、基本的に給与所得者の申告は、見たくないのではないか
と個人的には思われます。

例えば、年末調整の対象となる人が
給料の他に、20万円以下の所得があっても無申告でよい
という規定があります。(原文は難解なので正確ではありません）

これは、給与所得者の特例と呼ばれるもので
こんな規定を作ってまでも出来る限り
サラリーマンの申告は見たくない
という税務署側の姿勢が見えてきます。

ただ、例外として
給料が2千万超の会社員は、年末調整ではなく
確定申告をしなくてはいけないこととなっており
ごく一部の高額所得者の申告だけは、税務署は見たいようです。

一方、市役所は、給料のある人すべてを管理していますので
例えば、大学生の息子を扶養にしていたら
実は、バイトの収入が103万円を超えていたことが市役所の指摘で発覚。
(役所は、息子の収入も把握しているから）
したがって、市民税が増額
市役所から税務署へ報告で、所得税が増額、みたいなことは
よくある話でもあります。